鉴定技术可能会因生物体的不同而有所差异，目前，使用可靠的参考序列，对 16S rDNA 的测序是一种众所周知的可靠的鉴定物种的方法。

最近的研究证实，某些健康影响的现有证据与特定益生菌菌株密切相关（McFarland 和 Evans，2018 年；van den Akker 等人，2018 年）。在某些情况下，健康益处可能并不局限于特定的菌株，但是，即使是由共同特征介导的健康益处，也必须在菌株水平上鉴定益生菌。

大多数市售益生菌菌株多属于乳酸菌、双歧杆菌和酵母，它们被认为可安全用于食品和补充剂。这是因为无论作为益生菌，还是作为发酵剂，它们属于具有安全使用历史记录的属和种。

目前，国家已批准用于食品、保健品的菌种目录，目录范围还在不断增加中。

自 2001 年以来（FAO/WHO，2002），赋予宿主健康益处的能力一直是益生菌定义的基本组成部分，并在 2014 年得到了重申（Hill 等，2014）。所谓健康益处，是指使用益生菌对人的健康产生一定的积极影响。此措辞是开放的，允许在探索可能的健康终点时进行创新。

虽然前面描述的三个标准专门针对被视为益生菌的微生物菌株，但第四条标准适用于提供益生菌的产品。

益生菌的定义没有提及特定的剂量，而是指出应以足以对宿主产生健康益处的量施用益生菌。

因此，可以想象的是，鉴于益生菌是能够在宿主内自我复制的活微生物，随着时间的推移，如果益生菌在宿主内生长充分，几个益生菌细胞就足以产生有益的效果。

菌株必须使用公认的科学方法进行鉴定，根据当前有效的命名法命名，并使用可检索的菌株名称命名。方法将取决于益生菌的种类，并且可能会随着技术的发展而改变。

此外，该菌株必须已证明其预期用途的安全性，并至少拥有基于一项符合公认的科学标准或符合当地/国家主管部门的建议和规定（如果适用）的研究，证明其具有健康益处。

在整个保质期内，产品都必须包含足够量的益生菌菌株，以便能够提供所声称的（和基于证据的）健康益处。